本所成立宗旨在於培育從事海洋事務、資源管理、生態系評估及海洋產業整合之研究,進而能研擬海洋永續管理政策與體制之高級專業人才。本所為結合海洋「自然科學」和「社會科學」跨領域研究所。所內學生個人領域和發展方向雖有不同,但均要求應修習兩大領域相關課程,以培育基本之素養。有鑑於本所研究生來自不同學校和領域,為兼顧上述基本素養之培訓,本所除要求學生必修結合科學與管理兩領域之專題討論外,並開設有「海洋資源總論」與「海洋事務總論」兩門基礎「核心必修課程」供學生修習。讓學生均具備有海洋資源與海洋事務之基本專業知識,然後在依自己的興趣與能力選擇論文研究領域。