修業一至四年，修滿24學分，包括必修8學分、選修16學分,論文通過後，授予理學碩士學位。
學分抵免辦法
課程地圖
海洋生態系變動機制 (Special Topic on Dynamics of Marine Ecosystem)
生態系統分析與模擬 (System Analysis and Simulation of Ecological)
族群生態學（Population Ecology）
氣候變遷與漁業（Climatie change and Fisheries）
海洋資源特論(Special Topics on Marine Resources)
漁業科學與管理(Fishery Science and Management)
海洋魚族群動力學(Recruitment Dynamics of Marine Fish Population)
漁業生物學特論(Fisheries Biology)
漁獲資料特性與分析(Characteristics and Analyses of Fisheries Statistic Data )
生物統計學特論(Advanced Biostatistics)
無母數與多變量計分析（Non-Parametric and Multivariate Statistical Analysis
地理資訊系統在海洋資源管理的應用（GIS in Marine Resources Management ）
國際漁業管理實務（The Implementation of International Fisheries）
漁業資源評估與管理（Assessment and Management of Fisheries Stock）。
海洋事務總論（Marine Affairs）
海洋管理（Ocean Governance）
海洋資源政策與管理( Marine Resource Policy and Administration )
海洋事務特論(Special Topics on Marine Affairs )
國家海洋政策特論（Special Topics National Ocean Policy）
國際海法（International Law of the Sea）
海洋政策（Marine Policy）
海洋社會科學特論（Special Lecture on Marine Social Science）
海洋休閒與管理(Marine Recreation and Management )
環境與自然資源經濟學（Environmental Natural Resource Economics）
APEC與海洋資源保育（APEC and Marine Resources Conservation）
漁業外交實務（Application of Fisheries Diplomacy）。
海岸管理(Coastal Management）
溼地與島嶼特論（Special Topic on Wetlands and Islands）
海洋保護區（Marine Protected Areas）
棲地復育（Habitat Restoration）
水下文化遺產（Underwater Heritage）
海洋區劃特論（Special Topic on Ocean Zoning）
海洋治理（Ocean Governance
