漁業意外捕獲(incidental catch)造成的問題自1980年代後期受到重視，公海大型流網漁業便是因為意外捕獲海豚、海鳥、海龜等物種，終至被聯合國以第46/215號決議於1992年之後禁止作業。FAO後於1999年通過「避免延繩釣漁船意外捕獲海鳥國際行動計畫」，要求混獲海鳥之延繩釣國家採取行動(FAO, 1999)。然而，當時臺灣對於自身漁業混獲的情況仍一無所悉，故自1999年開始委託學者進行研究、補助漁船裝設自動投餌器、避鳥繩等設施，並從教育宣導做起。直至2002年開始執行遠洋鮪釣漁船觀察員計畫

鯊魚資源狀況近年逐漸受到重視，許多國家已訂定板鰓類資源管理辦法。例如美國、澳洲、馬爾地夫等國有總漁獲量及漁場限定。各RFMO近年也開始對主要鯊魚物種進行資源評估，例如:鋸峰齒鮫(WCPFC、ICCAT、IOTC)、平滑白眼鮫(WCPFC)、污斑白眼鮫(WCPFC)，灰鯖鮫(ISC，ICCAT)，並逐步進行管理措施，例如: ICCAT規範禁捕深海狐鮫(Alopias superciliosus)、污斑白眼鮫及丫髻鲛科(family Sphyrnidae)物種、平滑白眼鮫(C. falciformis)； I

臺灣的鮪漁業包括最早以長鰭鮪為目標魚種的基地船、1980年代中期開始發展的中西太平洋圍網船、1980年代後期發展的超低溫大目鮪漁船，以及1990年代後期蓬勃增加的一百噸以下小釣漁船。作業型態各有差異，捕撈對象多樣化，從商業價值高的太平洋北方黑鮪(大西洋黑鮪已自2007年後停止捕撈)(行政院農業委員會漁業署, 2010)、南方黑鮪、做生魚片用的大目鮪、黃鰭鮪到罐頭用的長鰭鮪、正鰹等，即便屬於混獲的劍旗魚等各類旗魚及水鯊等各類鯊魚，也都具有商業價值

自然資源保育的模式已經從單一物種轉換到生態系導向管理(ecosystem-based management)。生態系管理的方法很多，包括海洋保護區(marine protected areas, MPAs)、總容許捕撈量、漁具限制、漁撈能力管理，降低漁獲努力量、設定禁漁區、單一可轉讓配額，到生態漁業認證、及社區管理等(Worm et al., 2009)。