自然資源保育的模式已經從單一物種轉換到生態系導向管理(ecosystem-based management)。生態系管理的方法很多，包括海洋保護區(marine protected areas, MPAs)、總容許捕撈量、漁具限制、漁撈能力管理，降低漁獲努力量、設定禁漁區、單一可轉讓配額，到生態漁業認證、及社區管理等(Worm et al., 2009)。
對於大宗漁獲物種(例如鮪魚、鯖鰺)或者漁撈對象單一(例如飛魚卵、寶石珊瑚、魩鱙)的漁業種類，管制船數、努力量、禁漁期、禁漁區等是常用的措施。然而，對於拖網或者如臺灣位處熱帶環境，海洋生物物種非常多樣化的地區，前述管理措施往往不易奏效。在此種情況下，海洋保護區是最常被視是有效的方式。許多研究證明海洋保護區可使得生物量增加、魚體變大、乃至資源增加(Willis et al., 2003)。目前臺灣對於海洋保護區的劃設與管理並無專法，而是由各機關依循個別目標與法令而有不同型態之保育方式，包括：(1) 內政部營建署國家公園管理處主管的國家公園、(2) 行政院農業委員會林務局主管，由野生動物保育法公告的海島與海鳥保護區等、(3)農委會依據文化資產保存法公告的地景保護區、(4) 交通部主管，依據發展觀光條例公告的國家風景特定區等，以及(5)各地方政府依據漁業法公告各種水產動植物繁殖保育區，或稱漁業資源保育區。對此，行政院農業委員會於2012年參酌國際規範，將海洋保護區依據其管理方式分為三級，包括(一)等級一禁止進入或影響：僅在科學研究、監測或復育之目的下，經主管機關許可，始得進入；或雖允許進入，惟禁止任何會影響或破壞該海域生態系、文化資產或自然景觀之行為；(二) 等級二「禁止採捕」海洋保護區：全面禁止對自然資源或文化資產之採捕(開發)利用行為；以及(三)等級三「分區多功能使用」海洋保護區：在永續利用前提下，限制某些採捕(開發)利用行為，惟仍容許某些程度的利用生態資源行為。經彙整各單位轄屬保護區面積後，統計得到總面積約30,035 平方公里，其中第一級比例達我國12浬海域內0.9%、第二級為4.5%，至於第三級多功能使用比例則高達40%，總計占我國領海面積65,076 平方公里之46.15%。
上述比例看似比例很高，與國際間定義的差異又何在？依據IUCN與UNEP統整的全球保護區資料庫(WDPA)資料，臺灣管轄海洋面積達34萬平方公里(包括EEZ)。海洋保護區數量與面積分別為26個、3,850平方公里，占海域面積僅有0.59% (IUCN & UNEP-WCMC, 2015)，兩者差異很大。兩個差別在於IUCN資料庫的海洋保護區面積以國家公園為主，至於臺灣政府認定的漁業資源保育區，並未登錄到該系統。其次，則是國際間以管轄(EEZ)面積為分母，臺灣政府則僅以12浬領海內為估計分母。
從前述三種等級保護區的面積以及種類來看，屬於高度管制的第一級與第二級的面積比例偏低，多屬於國家公園。而漁業資源保育的部分，除了沿岸三浬禁止拖網作業之外，多數都是位處沿岸小面積的漁業資源保育區，相關物種調查及評估都有限。因此，首先應該要建置基本調查體系、強化執法能量、引入環保團體與地方合作、以及加強與權益相關人之溝通聯繫等方式，推動並落實海洋保護區(黃等, 2016)。