臺灣飛魚卵漁業的主要漁場在北部彭佳嶼水域，這種以「卵」為「標的」的漁業，在世界上並不多見，僅極少數的國家如印尼、秘魯等有類似漁業。依據近幾年研究調查(王, 2007-2012)顯示，飛魚卵的捕獲地點最早出現在臺灣北部海域，隨後逐漸往東北部水域移動並擴展；到了6月盛漁期，漁場進一步由東北往南延伸；到了七月，漁期將過，漁場又退縮到北部或東北部海域。由此漁獲分佈的季節推移，配合捕獲魚卵與親魚的親緣鑑定、實驗室魚卵的孵化驗証，及樣本船於作業區採獲的產卵親魚共同確認，本漁業事實上乃由尖頭細身飛魚(Hirundichthys oxycephalus)單一魚種所貢獻，其產卵魚群應來自廣大的北部與東北部水域的一種產卵聚集現象，而與臺灣南部追逐網漁業的捕撈對象黑鰭(Cheilopogon cyanopterus)、白鰭(Cheilopogon unicolor) 與較短小圓身的斑鰭飛魚(Cypselurus poecilopterus)等不具有直接關連，因此兩漁業應分開管理(王, 2012; 王等, 2016)。
臺灣漁民過去所捕撈的飛魚卵量並無官方統計資料可循，根據魚卵收購業者提供的歷史(1985-2007年)資料顯示，臺灣歷年飛魚卵漁獲量可分兩個時期，一為2000年以前，主要以臺灣船隻為主，其年平均漁獲量可能在600噸左右。其後，中國大陸船隻加入捕撈，且越來越多，因此，近年臺灣漁船漁獲量明顯下降應與中國大陸船隻的競捕有關。臺灣近年(2008-2012)來飛魚卵之漁獲量約維持在230至350公噸之間；總容許捕獲量(TAC)為350公噸，作業船隻採登記核准制，並維持在200艘以內，漁期管制在每年5月15至7月31日間。2010年開始實施觀察員及港口查報員計畫，以了解漁獲實況與動態。
飛魚卵為一共享資源，在欠缺部分(中國大陸)漁獲統計下，臺灣的漁獲限額的設定是漁政當局及業者，包括魚卵收購商相當關切的議題。經科研單位詢訪中國大陸相關網站、執法與研究單位及主要卸售港口之漁家，並配合兩地作業船隻漁獲效率與停泊基地與主漁場之遠近，從而間接評估其漁獲量在2010年應在200-300噸間，約為臺灣的2/3，故兩地總和應以不超越歷史漁獲平均650噸為原則，因此目前的漁獲限額應屬上限，不宜再放大。而2010年以後，因社會經濟因素，從事飛魚卵作業的船隻日漸萎縮，加以中國大陸自2014年起將飛魚卵漁業納入休漁對象，雖有證據顯示部分中國大陸船隻仍在作業，但與往年相較，來自對岸的漁撈壓力當可因休漁而降低。
飛魚卵年度漁獲狀況的好壞，與漁期間氣象因子，如颱風數、水溫、降雨量、風力等有密切關連(王, 2007-2012)；而年度魚價與油價的高低也會影響漁民作業的意願，進而影響到漁獲效益與收益。因此，本漁業漁獲的高低，除了漁況外，環境與社會經濟因子都扮演重要角色，故有必要在漁況變動的研究之外，思考如何在總量管制下規劃最適作業船隊規模。否則，過多船隻的投入，將使漁獲效益與漁獲收益被稀釋，進而影響盈虧，而一旦漁獲率下降，漁民虧錢，則加強保育與反對管理的聲音都將高漲，進而讓漁業管理或政策的施行受阻。目前本漁業魚價掌控在少數幾家魚卵收購商手中，而魚價高低影響漁民作業意願與捕獲量甚大，為確保該漁業之永續，漁政單位應思考維持魚價穩定的機制，或輔導成立產銷班等，以維護漁民權益。
飛魚卵漁業目前有漁期的管制，但本漁業漁期的時間受年度海表水溫的影響甚大(王, 2007-2012)，漁民常為此抱怨連連。建議取消漁期限制，但須嚴格監控每日的捕獲量變動與累計總量，以符合漁業特性，並消弭不必要的爭議。