聯合國教科文組織於2001年通過《水下文化遺產保護公約》，其目的在保護位於水下具有文化、歷史或考古價值的所有人類生存的遺跡。如公約所認知，水下文化資產是人類文化遺產不可分割的一部分，也是各國人民、各民族的歷史及其共同遺產關係史上極為重要的內涵；因此，保護和保存水下文化資產的重要性，所有國家都應負起責任。為呼應公約精神，我國立法院在2015年11月通過《水下文化資產保存法》，並於12月9日公布實施。本所研究方向在加強部會管理事務之整合、籌建國家級研究機構、培育專業人才、加強國際合作、強化民眾教育與宣導等，以保護我國珍貴的水下文化資產。
「水下文化資產（Underwater Cultural Heritage, UCH）」是指位於水下具有文化、歷史或考古價值的所有人類生存的遺跡，例如遺址、建築、工藝品、人類遺骸、船隻、飛行器，及其有考古價值的環境和自然環境等。依據我國於2015年12月9日通過公布之《水下文化資產保存法》第三條，所稱「水下文化資產」，是指：指以全部或一部且週期性或連續性位於水下，具有歷史、文化、考古、藝術或科學等價值，並與人類生活有關之下列資產：（一）場址、結構物、建築物、器物及人類遺骸，並包括其周遭之考古脈絡及自然脈絡。（二）船舶、航空器及其他載具，及該載具之相關組件或裝載物，並包括其周遭之考古脈絡及自然脈絡。（三）具有史前意義之物件。由於水下文化資產封存了豐富的文化、歷史、地理、和科技等珍貴資訊，因而被喻為「時空膠囊」。如何保護這些人類共同資產，是國際間關切的重大議題。
從2000年起，本所邱文彥教授在國立中山大學和國立台灣海洋大學任職期間，即長期關心研究水下文化資產的相關議題，主辦或協辦過多次國際研討會。2005年接受內政部營建署委託，進行東沙水下考古的文獻研究時，發現東沙至少有28艘記載明確的沉船。過去十餘年來，持續關心並參與文化部委託中研院、中山大學的水下考古研究計畫審查後，更深入了解到台灣周邊水域擁有近百艘的沉船，包括沉沒在澎湖、參與甲午戰爭的「廣丙艦」、英國籍的「博哈拉號(S.S. Bokhara)」，馬祖的「蘇布倫號(SOBRAON)」，以及「綠島一號」等，十分珍貴而豐富，與中國大陸的「南海一號」、「丹東一號（致遠艦）」或其他國家的案例相較，一點也不遜色。然而，這些珍貴的水下文化資產過去並沒有良善的機制妥予保護，因此打撈破壞的情事時有所聞。
2001年聯合國教科文組織通過的《水下文化遺產保護公約》，於2009年正式生效，成為水下文化資產保護與管理之重要國際公約，對於國家所主張管轄權海域與大陸礁層，以及公海水下文化資產之權利歸屬與內涵均有規定，同時也確立九項水下文化資產保護之重要原則與應有作為。雖然我國週邊海域存有豐富水下文化資產，但是國際公約的重要原則與精神，仍未落實在我國國內法中；現行文化資產保存法也無法適用於水下文化資產之保存、保護與管理，故應另定專法，以有效保存、保護與管理水下文化資產。
有鑑於此，文化部遂著手研擬專法，初名《中華民國水下文化資產保護條例》，該一草案經多年研議後，最終由行政院提出《水下文化資產保存法》草案，送請立法院審議。本法係文化部委託專家學者研究、召開多次專家學者諮詢會議、全國公聽會及相關法制作業程序，並建立社會各界共識後，始逐步研擬完成之草案（文化部，2015）。立法院則有邱文彥委員等29人，以及陳碧涵委員等28人提出對應版本（立法院，2015）。
由於立法院第八屆第八會期審議時間有限，爰由委員邱文彥會商學者胡念祖教授及文化部主管人員，先行整合三個版本，整合為一個彙整版，並經委員會同意以之作為討論基礎，加速審議。彙整版於2015年11月9日，經委員會審查完竣，送請立法院院會公決。2015年11月24日，立法院終於三讀通過《水下文化資產保存法》，本法並經總統於2015年12月9日以華總一義字第10400143861號明令公布，成為我國第一部水下文化資產保存專法（中華民國總統府，2015）。《水下文化資產保存法》的通過與施行，將使我國週邊海域豐富的水下文化資產，在具體明確的法律規範下，獲得更有效的保存、保護與管理。我國目前雖然不是聯合國會員，但立法院三讀通過《水下文化資產保存法》，表徵了呼應和尊重聯合國公約的精神，擔負起台灣保護水下文化資產應有的責任和義務，意義重大。
立法院審查本法完竣後，作成附帶決議二項。其一為：「中央主管機關為進行調查、研究、發掘、修復及其他水下文化資產活動，得整合相關機構執行上開事項，必要時得研議設置專責組織」；其二為：「水下文化資產之推動，涉及多項國家安全與國際合作事務，爰要求文化部於1個月內就相關問題之因應策略，會同外交部、國防部及行政院大陸委員會，向立法院教育及文化委員會提出書面報告」。第一項附帶決議如能落實，對於水下文化資產專業度的凝聚與提升，勢將扮演重要角色。
歷經多年研議，我國立法院終於2015年11月底三讀通過《水下文化資產保存法》，本法的通過與施行，將使我國週邊海域豐富的水下文化資產，在具體明確的法律規範下，獲得更有效的保存、保護與管理。本法的重要內涵，不但在尊重國際公約的精神，建立了水下資產普查、申請、審議、研究、通報、發掘、修復、保存、建檔、權利歸屬、國際合作和劃設保護區等管理機制，也強調教育宣導與人才培育的重要性。雖然我國制定了這項重大法案，但未來後續子法與技術規範的訂定，以及海洋保護區跨部會之間的整合等，還有嚴峻的挑戰，包含幾個面向：